العائلة العظمى للپروتينات

العائلة العظمى للپروتينات protein superfamily، هي أكبر تجمع (فرع حيوي) للپروتينات التي يمكن من خلالها تتبع السلف المشترك (انظر التنادد). عادة ما يتم تتبع هذا السلف المشترك من خلال التراصف البنيوي^[1] والتشابه الميكانيكي، حتى إذا لم يكن هناك أي تشابه في التسلسل.^[2] بعد ذلك يمكن استنتاج تنادد التسلسل حتى لو لم يكن واضحاً (نظراً لانخفاض تشابه التسلسل). عادة ما تحتوي العائلات العظمى على عدة عائلات پروتين والتي تظهر تشابه التسلسل ضمن كل عائلة. يشيع استخدام مصطلح فرع الپروتين للإشارة إلى العائلات العظمى للپروتيز وهيدروليز الگليكوسيل تبعاً لنظام تصنيف MEROPS و[[CAZy].^[2]^[3]

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

التحديد

Above, secondary structural conservation of 80 members of the PA protease clan (superfamily). H indicates α-helix, E indicates β-sheet, L indicates loop. Below, sequence conservation for the same alignment. Arrows indicate catalytic triad residues. Aligned on the basis of structure by DALI

يتم تحديد العائلات العظمى للپروتينات بعدة طرق. يمكن التعرف على الأفراد شديدة القرابة بطرق مختلفة لمن هم بحاجة لوضع الأعضاء الأكثر تباعدًا من الناحية التطورية ضمن مجموعات.

تشابه التسلسل

A sequence alignment of mammalian histone proteins. The similarity of the sequences implies that they evolved by gene duplication. Residues that are conserved across all sequences are highlighted in grey. Below the protein sequences is a key denoting conserved sequence (*), conservative mutations (:), semi-conservative mutations (.), and non-conservative mutations ( ).^[4]

التشابه البنيوي

Structural homology in the PA superfamily (PA clan). The double β-barrel that characterises the superfamily is highlighted in red. Shown are representative structures from several families within the PA superfamily. Note that some proteins show partially modified structural. Chymotrypsin (1gg6), tobacco etch virus protease (1lvm), calicivirin (1wqs), west nile virus protease (1fp7), exfoliatin toxin (1exf), HtrA protease (1l1j), snake venom plasminogen activator (1bqy), chloroplast protease (4fln) and equine arteritis virus protease (1mbm).

التشابه الميكانيكي

الأهمية التطورية

التنوع

أمثلة

مصادر العائلات العظمى للپروتينات

انظر أيضاً

المصادر

^ Holm L, Rosenström P (July 2010). "Dali server: conservation mapping in 3D". Nucleic Acids Research. 38 (Web Server issue): W545-9. doi:10.1093/nar/gkq366. PMC 2896194. PMID 20457744.
^ ^أ ^ب Rawlings ND, Barrett AJ, Bateman A (January 2012). "MEROPS: the database of proteolytic enzymes, their substrates and inhibitors". Nucleic Acids Research. 40 (Database issue): D343-50. doi:10.1093/nar/gkr987. PMC 3245014. PMID 22086950.
^ Henrissat B, Bairoch A (June 1996). "Updating the sequence-based classification of glycosyl hydrolases". The Biochemical Journal. 316 ( Pt 2) (Pt 2): 695–6. PMC 1217404. PMID 8687420.
^ "Clustal FAQ #Symbols". Clustal. Retrieved 8 December 2014.

[1] Holm L, Rosenström P (July 2010). "Dali server: conservation mapping in 3D". Nucleic Acids Research. 38 (Web Server issue): W545-9. doi:10.1093/nar/gkq366. PMC 2896194. PMID 20457744.

[merops-2] أ ^ب Rawlings ND, Barrett AJ, Bateman A (January 2012). "MEROPS: the database of proteolytic enzymes, their substrates and inhibitors". Nucleic Acids Research. 40 (Database issue): D343-50. doi:10.1093/nar/gkr987. PMC 3245014. PMID 22086950.

[3] Henrissat B, Bairoch A (June 1996). "Updating the sequence-based classification of glycosyl hydrolases". The Biochemical Journal. 316 ( Pt 2) (Pt 2): 695–6. PMC 1217404. PMID 8687420.

[4] "Clustal FAQ #Symbols". Clustal. Retrieved 8 December 2014.

[1]

[2]

[3]

[4]